tbtools绘制基因染色体图

重新认识TBtools,减少你的生信分析烦恼(20190422)

1、TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不熟悉的人与我聊到TBtools。TBtools在每个人的认知上，或许都不一样。 有的人觉得TBtools就是 耽误了他们所谓的生物信息学习 。 有的人说，TBtools 保了他们毕业 。 也有的人说，TBtools 帮助了他发了文章 更或者，TBtools。。三年前开始写TBtools。

基因在染色体上位置可视化

首先需要获取的是染色体位置，我的办法是在GFF3文件里取得。复制出来的文件都在同一个单元格里，这个时候只需要使用分列功能就能把信息分开。之后需要准备基因位置文件，首先用tbtools提取所有基因的ID和位置。这里使用GFF3 gene position parse。正经的IOS（input，output，start）流程没什么可说的。

基因组结构图展示了基因、蛋白质编码区、调控序列以及它们在染色体或质粒上的位置，是生物信息学软件生成的。图中阴影部分表示同源性，揭示基因由共同祖先演化或通过基因水平转移而来。这类图常用于研究抗生素抗性基因，帮助描绘基因之间的关系。制作基因组结构图需遵循几个步骤。首先，获取待分析的DNA序列数据。

实战操作中，通过TBtools的用户界面，用户可以加载预设的Circos项目或直接生成基因组骨架。例如，通过FastaTools提取染色体长度信息，GFF3/GTFManipulate工具获取基因位置信息，以及OneStepMCScanX进行染色体共线性分析。在绘制完成后，可以添加如GC含量、基因密度等数据轨道，以丰富图示内容。

两个物种之间的共线性分析(详细攻略)

欢迎各位读者，今天我将分享关于两个物种之间进行共线性分析绘图的详细攻略，以水稻和拟南芥为例。首先，我们需要使用软件TBtools进行操作。在TBtools中，选择Others，然后点击Plugin进入插件商店。在菜单栏中，选择插件One Step MCScanX [Super Fast] by CJ，点击安装按钮即可完成插件的安装。

基因家族分析（9）：物种间共线性分析与jcvi绘图在物种间共线性分析的环节，主要依赖于mcscanx工具，以拟南芥和苦荞为例。首先，需要准备的是经过预处理的两个物种的蛋白质序列（只保留最长转录本）和相应的gff3文件，这些数据文件是后续分析的基础。

进行物种间共线性分析时，使用的是mcscanx软件，以拟南芥和苦荞为例。分析前，需要准备两物种的蛋白质序列与gff3文件。特别注意，这些文件在第一步处理时只保留了最长转录本。共线性分析完成后，结果以Ft-Ath.collinearity文件形式呈现。接下来，通过python版本的mcscanx绘图程序，展示物种间共线性分析的结果。